Miembros de la Organización para la Regeneración Mundial (W.R.O.):

- Reeve Tuesti: Antiguo jefe del departamento de desarrollo urbanístico de Shinra. Viajó indirectamente con el grupo de Cloud tres años atrás mediante el control de Cait Sith. En la actualidad es el comisionado de la Organización para la Regeneración Mundial (WRO), un grupo dedicado a contribuir a la recuperación del planeta tras la tragedia de la caída del meteorito, y a oponerse a aquellos que podrían suponer una nueva amenaza para el mundo.
- Cait Sith: Un robot con un acento único que se autoproclama adivino. Viajó con el grupo de Cloud para comprobar el resultado de sus profecías, pero en realidad era un espía controlado por Reeve Tuesti, jefe del Departamento de Desarrollo Urbano de Shinra. Sin embargo, se dejó llevar por las acciones de Cloud y se convirtió en agente doble, siendo un leal miembro del grupo.
- Shalua Rui: Uno de los científicos más brillantes de la división técnica de la WRO. Ha estado luchando contra Shinra desde que se unió a la WRO. Tiene una prótesis desde que perdió su brazo izquierdo en una batalla. También tuvieron que remplazarle varios órganos internos por otros artificiales debido a un encontronazo en el pasado.

- Yuffie: Una joven ninja del lejano país de Wutai. Hace tres años, se unió a Cloud y sus compañeros mientras se encontraba buscando materia. Está lejos de su país natal y, de algún modo, se ha visto forzada a unirse a la WRO. Está a cargo del espionaje y la recogida de información.
- Cid Highwind: Es un legendario piloto y fue compañero de Vincent cuando viajaron juntos hace tres años. Actualmente es el piloto de una nave llamada “Shera” y también es el líder de una división aérea que recibe el apoyo de la WRO.

Tsviets/Unidad de Élite de Deepground:

- Shelke: Aunque su apariencia es la de una niña de 10 años, Shelke es miembro de los Tsviets, una unidad de elite de Deepground. Entre sus especialidades se encuentra la habilidad para introducirse en redes virtuales y el manejo de dos sables electromagnéticos en combate. Trabaja en estrecha colaboración con Azul en busca del paradero de Vincent.

- Azul: También es miembro de los Tsviets. Por su apariencia se ha ganado el título de "Azul el Cerúleo". Ama la batalla y su extraordinaria fuerza le permite empuñar el cañón de un tanque como si fuera un juguete.
- Rosso: Miembro de los Tsviets cuyo cuerpo está teñido de rojo. Se mueve con la velocidad y la elegancia de una pantera, es feroz e inestable y puede lanzar ondas de aire a través de sus manos. Sueña con eliminar toda vida humana del planeta.

- Nero: Miembro de la elite de los Tsviets. Su figura no se puede ver claramente, ya que su cuerpo está siempre envuelto en la oscuridad. Esta oscuridad lo puede engullir casi todo, pero también tiene la habilidad de arrancar cosas de las profundidades. Se cree que una vestimenta tan constrictora sirve para mantener su poder bajo control.
- Weiss: Un misterioso soldado que asumió el liderazgo de Deepground. Le llaman “Weiss el inmaculado” y desde la Caída del Meteorito lleva a cabo una caza mundial contra la humanidad que dura ya tres años. Todos le temen en Deepground obedeciendo sus órdenes sin rechistar, pero es raro encontrar a quien lo haya visto con sus propios ojos.

Otros Personajes:


- Hojo: Un científico loco que era miembro del Proyecto Jénova. Llegó a ser el líder de la resistencia tras la marcha del Profesor Gast. Él es el responsable de la transformación del cuerpo de Vincent.
- Cloud Strife: Compañero de Vincent que estuvo en el centro de la batalla por el planeta hace tres años. Tras la batalla, estableció un servicio de mensajería en la ciudad de Edge, cerca de Midgar. Mientras que Deepground ha comenzado sus ataques contra el mundo, él continúa en paradero desconocido…
- Tifa Lockhart: Otro miembro del grupo que viajó con Vincent hace tres años. Regenta un bar llamado “Séptimo Cielo” en la ciudad de Edge. Edge fue atacada recientemente por Deepground, pero todavía nadie sabe dónde se encuentra Tifa.

- Barret Wallace: Luchó junto a Vincent hace tres años, siendo miembro del grupo de Cloud. Es el antiguo líder del grupo revolucionario anti-Shinra llamado Avalanche. Desde la batalla, ha estado buscando una nueva fuente de energía para sustituir al mako, como los campos petróleo. ¿Acaso se ha involucrado también en la lucha contra Deepground?
- Vincent [Turco]: Vincent cuando era miembro de los “Turcos” hace 30 años. Fue destinado a la Mansión Shinra para proteger al equipo del Proyecto Jénova. Allí llegó a conocer a Lucrecia Crescent, una investigadora del grupo; y llegó a tener sentimientos hacia ella, pero…