Cuanto peor campo A.T. tengamos, más difíciles serán las relaciones con los demás y, en casos como los pilotos de Evangelion, repercutirá negativamente en los combates e, incluso, les puede hacer que abandonen NERV. Mantener alto el A.T., la amistad y el amor de los personajes no jugadores también será importante para que nos apoyen en la batalla, nos permitan acceder a sus casas, nos hablen, nos regalen cosas, etc. Las acciones y conversaciones disponibles variarán según el nivel de nuestro campo A.T. Además de éste campo también hay que estar pendientes de parámetros como la capacidad de trabajo, la inteligencia y la fuerza; y un último indicador que varía de acuerdo con el rango del personaje: la sincronización, los conocimientos de hacker, la capacidad de dar órdenes, etc. Todos estos parámetros se pueden aumentar mediante un minijuego muy simple en el cual hay que pulsar triángulo, círculo y X en el momento adecuado. Hay varias formas de acceder al minijuego, y según cómo lo hagamos afectará a un parámetro u otro.



Tampoco podemos olvidarnos del Impulso (energía), el cual nos permite decir frases y llevar a cabo acciones (dentro y fuera de los combates) en general más útiles que otras que no requieran energía. Dependiendo de cómo nos hayamos desenvuelto en el día anterior el Impulso aumentará más o menos al empezar una nueva mañana.


Para complicar aún más las cosas, hay diferentes “modos”, que se activarán según lo que hagamos, y que permitirán acceder a escenas especiales, e incluso nuevos finales. Ir mucho a la escuela activará el modo estudiantil, con fiestas y demás eventos. Investigar secretos de NERV (o incluso acceder al Terminal Dogma) activará el modo serio, en el que los intentos de asesinato por parte de agentes de Seele se sucederán sin tregua.


En el Scenario 01, el día a día y las escenas se desarrollarán según los capítulos de la serie de forma muy fidedigna, por lo que las variables que hemos mencionado (modos, inteligencia, fuerza, capacidad de trabajo...) no serán tan importantes como en el resto de niveles, ya que aquí apenas habrá posibilidades de cambiar la historia principal. Cuando toque el ataque de un ángel según el argumento de la serie, éste sucederá sin previo aviso. En el resto de escenarios hay cinco barras azules; al volverse todas rojas (en uno/dos/tres días más o menos), ocurrirá el ataque aleatorio de un ángel.


Tras una secuencia en la que a través de imágenes estáticas se muestra el ataque del Ángel y Misato explica la estrategia a seguir, comenzará el combate. Como ya hemos indicado antes, éste se desarrolla en tiempo real en un mapa en 2D. Tenemos que llegar a la posición del ángel para poder atacarlo, teniendo en cuenta que el cable umbilical del Evangelion tiene una longitud máxima (además, llevar el cable conectado resta agilidad) y que, como en la serie, los Evangelion tienen una autonomía sin cable de 5 minutos. Habrá diferentes edificios de ayuda repartidos por la ciudad representados por iconos de varios colores, los cuales servirán para distintas tareas: renovar el cable umbilical, recoger nuevas armas, atacar a los ángeles o para cubrirnos. Todas las armas y ataques que se ven en la serie se pueden utilizar en el combate, e incluso es posible desarrollar nuevas armas y protecciones si tenemos una buena relación con Ritsuko. Sólo se puede llevar un arma a la vez (además del cuchillo). Cada ataque tiene su propio alcance, potencia y tiempo de recarga; el alcance del arma que llevamos aparece indicado en el mapa.




Cuando tengamos un ángel a nuestro alcance, podremos elegir cómo atacarle según las posibilidades de ese momento... y él podrá atacarnos a nosotros. Los ataques se ven en breves secuencias 3D, espectaculares, pero cortas. Aquí es donde el juego más luce gráficamente, con secuencias diferentes para cada Evangelion, ataque, ángel y entorno. Tras el ataque, hay que procurar alejarse del ángel y esperar a que nuestra barra se recargue antes de poder golpear de nuevo. Como es lógico, la sincronización, el impulso y el campo A.T. del piloto también afectarán al desarrollo: mayor/menor defensa, regeneración, potencia, velocidad... La dificultad de los combates varía: en el Scenario 01 son, en general, bastante fáciles. El resto de niveles son mucho más difíciles, por lo que será importante mantener una buena relación con los demás pilotos para que nos ayuden.